讲述发生在京都的电影剧组拍摄中发生的凶杀案

在青梅竹马毛利兰的鼓动下，工藤新一半推半就地乘上了飞往京都的飞机，去观摩那里正在拍摄古装剧的毛利小五郎的表演。飞行途中，名叫一名摄影师毙命于洗手间，引起乘务组的恐慌。于是工藤新一就在1万英尺的高空展开了推理。好不容易来到京都拍摄场地，关于男主角樱庭的谋杀预告传来，不久更有一名女演员遇害。新一和对手服部平次展开了精彩的推理对决。

在青梅竹马小兰（忽那汐里 饰）的鼓动下，工藤新一（溝端淳平 饰）半推半就乘上飞往京都的飞机，去观摩正在那里拍摄时代剧的毛利小五郎（陈内孝则 饰）的表演。飞行途中，名叫大鹰和洋（波冈一喜 饰）的摄影师陈尸洗手间，引起乘务组的恐慌。工藤新一就在1万英尺的高空展开推理。好不容易来到京都摄影所，针对男主角樱庭（中村俊介 饰）的谋杀预告传来，不久更有一名女演员遇害。新一和对手服部平次（松坂桃李 饰）展开竞技般的推理……

コラボエピソード「乱歩邸殺人事件」は、劇場版「名探偵コナン 100万ドルの五稜星（みちしるべ）」にも参加した大倉崇裕が脚本を執筆。旧江戸川乱歩邸が物語の舞台となり、江戸川乱歩をめぐる難事件が発生する。 小林先生の引率で乱歩邸を訪れた少年探偵団。江戸川乱歩が書庫として使用していた土蔵には貴重な本が大量にあり、コナンたちは大興奮だったが、そこへやってきた佐藤刑事と高木刑事に近くの公園で殺害事件が発生したことを告げられる。事件の被害者の遺留品は普段公開していない土蔵に関係しているという。

署名麻生圭二的人寄出一封意味深长的信和50万日元的委托费，柯南、兰、小五郎前往伊豆冲的月影岛。但是，在村公所听了关于麻生的话，钢琴家麻生被说明了12年前在岛上一家自杀。 正好在月影岛村长选举中，柯南等人为了寻找来侦探事务所的寄信人，开始了询问。为了寻求线索访问了岛上的公民馆，麻生的朋友月影岛的前村长龟山的三周年忌日的法事就要开始了。于是柯南他们发现了一架有年代的钢琴。那架钢琴被称为麻生去世那天演奏会上弹的“被诅咒的钢琴”，甚至给前村长龟山也带来了死亡。 然后，在法事中播放着《月光》的旋律，之后村长候补之一的村里最大的资产家川岛的溺死体被发现。虽然发现的是室内，但是川岛的遗体是湿的，而且上衣浮在面向公民馆的海里，所以推测川岛是在面向公民馆的海里溺死的，之后被运到了公民馆。由此柯南推理出那封信是杀人预告，还有下一次杀人的可能性。 第二天，在政府机关由来自本厅的目暮警部等人进行法事时，在公民馆的38名村民进行了调查，但这次在政府机关的广播室中，现任村长黑岩被刺杀，甚至在公民馆中发现了麻生青梅竹马的西本的上吊尸体。

京都化野的旧家族高尾家的媳妇加代子（山口果林），遭遇了出生仅四个月的女儿舞子被拐的不幸。此后，犯人中断了联络，在失意中一年过去了。某天，犬山经营保育所的女性和美（中村晃子）打来电话，称自己在照看舞子。然而，这一通电话却拉开了连续杀人事件的序幕。

柯南和小五郎等拉着大队，来到位于太平洋中的美丽小岛“神海岛”度假。这座岛屿自古流传着关于沉没于海底的古代遗迹“海底宫殿”，及300年前两名女海盗遗留下来的宝藏传说。小兰和园子不惧流传，在“海底宫殿”附近潜水时，意外遇到一大群正在寻找宝物的猎人，不料其中一人突然遭鲨鱼攻击，不幸身亡！小兰和园子幸运逃难，柯南见那位猎人死状诡异，与灰原一起展开调查。 柯南认为猎人之死，跟宝藏传说有着很大的关系，他试图解开背后原因，“海底宫殿”的谜题一直系绕在他的脑海中。他找到了一组神秘名词“Jolly Roger”后，猎人却突然现身，并偷走了原来发现的宝藏！小兰和园子落在猎人的魔掌之中，性命危在旦夕！隐藏于传说中的讯息是什么？“海底宫殿”有什么秘密？穿越300年时光的暗号，柯南誓要逐步解开谜题。

某天，被选为电影准主演的女演员新城めぐみ在拍摄现场被发现成了上吊的尸体。通过验尸查明她已怀孕，警方从自杀和他杀两方面展开调查。不过，新城めぐみ的挚友、造酒屋的独生女二階堂径子坚信这是他杀。めぐみ没有自杀的理由，而且前几天见面时她还期待着不久后举行的同窗会上能和径子、純子重逢。为了查明真相，径子拉上酒屋的工匠周平，以临时演员的身份潜入了摄影棚。不久后，径子得知めぐみ被一个偏执的男性粉丝纠缠。那个男人是被めぐみ拒绝交往的相亲对象川辺。径子断定川辺就是凶手，让周平当保镖，闯入了川辺的公寓。然而，那里只有川辺的尸体。川辺留下了遗书，警方判定为自杀，但径子对此感到怀疑。

在英国北方，靠近与苏格兰的交界处，人们意外地发现了一具儿童骸骨，凶案调查专家火速赶到，犯罪现场初步观察指出，被害者可能遭到捆绑，头部受到钝器重击。 是谁对无辜的孩子下此毒手？但找出凶手实在不易，因为死者被谋杀于一千八百年前，罗马时代的不列颠。